Depois de usar o excelente Process Monitor para analisar quais arquivos o Serviço de Ativação de Processos do Windows tentava ler / criar, encontrei esses arquivos e diretórios em C:\inetpub\temp\apppools
que o processo de atualização do Windows provavelmente confundiu com. Excluí esses arquivos e diretórios antigos e reiniciei os pools de aplicativos.
Tudo está funcionando bem agora!