O alias só funciona para comandos. Ou seja, o shell irá verificar argv [0] para aliases, ele irá verificar cada parte do argv para variáveis sigiled (como $ MY_DIR). Uma demonstração visual:
g3 0 /home/jj33 > alias FOO=bar
g3 0 /home/jj33 > FOO
-ksh: bar: not found
g3 127 /home/jj33 > echo FOO
FOO
g3 0 /home/jj33 > BAZ=bar
g3 0 /home/jj33 > $BAZ
-ksh: bar: not found
g3 127 /home/jj33 > echo $BAZ
bar