Esse problema ocorre devido à maneira como certbot
foi instalado.
Quando não estiver usando uma instalação de distribuição em pacote de certbot
, não será possível garantir que todas as dependências sejam atendidas. Assim, para garantir que ela possa ser executada corretamente, ela criará um ambiente virtual em $HOME
. Ao executar com sudo
, esse ainda é seu próprio $HOME
. No entanto, quando executado como root, isso se transforma em /root
, onde o ambiente virtual não está presente e, portanto, certbot
não pode ser executado sem criá-lo. Não está se atualizando tanto quanto instalando-se considerando o novo ambiente do qual é executado.