O efeito de ambos é o mesmo, mas em um caso você está fazendo tudo manualmente, e no outro caso, o libvirt é capaz de fazer tudo por você.
Com o conjunto de armazenamento definido, o libvirt é capaz de criar e gerenciar volumes nesse conjunto. Sem o conjunto de armazenamento definido, você deve criar e gerenciar manualmente os volumes fora do libvirt.
Observe que um dispositivo de bloco não precisa fazer parte de um conjunto de armazenamento para que uma máquina virtual gerenciada pelo libvirt possa usá-lo. Mas se não for, então você deve gerenciá-lo.