@smoser do irc # cloud-init me ajudou
procure em /var/lib/cloud/instance/scripts/
você verá um arquivo chamado runcmd
e os outros arquivos que estão em seu multiparte são nomeados pelo nome do arquivo.
Os scripts nesse diretório são executados na ordem classificada de código de idioma C (como se fosse por runparts)
Então, se você alterar o nome do script do qual adicionou %código% para %código% então você vai ser bom.