Use um sistema de gerenciamento de configuração para implantar seus pacotes e configurações de servidor.
De um modo geral, a maioria dos sistemas CM são capazes de lidar com as diferenças entre distros do Linux de forma bastante graciosa. No entanto, o que você vai encontrar é que os nomes dos pacotes entre o Debian e o CentOS serão diferentes. Então você pode precisar gerenciar duas listas de pacotes - uma para o Debian e outra para o CentOS.