Verifique se o problema existe no host local do servidor para eliminar a possibilidade de ser hardware de rede causando o tempo limite. Assumindo que o problema desaparece quando você testa o localhost, então pode muito bem estar relacionado à rede.
Você menciona uma latência de 23 ms ao verificar um traceroute a cada 1 minuto. 23 ms não parece uma conexão de rede local e provavelmente tem vários saltos onde você também pode estar vendo uma perda ocasional de pacotes.
Em vez de fazer um traceroute a cada 1 minuto, você deve fazer um ping sem tempo limite, como ping -t servername
, e deixá-lo assentar. Então, depois de um tempo, você pode verificar as estatísticas com CTRL + BREAK e procurar por perda de pacotes e / ou flutuações na latência.
Outra opção (a menos que você já esteja fazendo isso) é usar o PDO para se conectar