O artigo que você vincula diz que um máximo de 2 vCPUs é suportado em convidados do Hyper-V que executam o WS2003, mas não há razões técnicas que o impedem de usar mais; você já está executando uma configuração completamente sem suporte (WS2003 no Azure), portanto, o suporte é provavelmente a menor das suas preocupações.
No entanto, para realmente usar mais de 4 CPUs (independentemente de ser físico ou virtual), você precisa do Enterprise Edition do Windows Server 2003: link .