O problema dos certificados é fácil de consertar, basta usá-los para o seu usuário e ajustar as permissões de acordo.
Você verá que não é possível fazer com que seu servidor ouça a porta HTTPS, 443, pois é uma opção privilegiada (< 1024).
Você pode resolver esse problema de várias maneiras, como:
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Processa reverso na frente (Apache / nginx) encaminhando solicitações para o nodejs ouvindo uma porta mais alta
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Encaminhamento de porta 443 - > 1443 (ou qualquer porta com mais de 1024) e nodejs ouvindo 1443
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Usando recursos do Linux (CAP_NET_ADMIN IIRC).
Provavelmente existem outros métodos também.