De acordo com esta página , a linha abaixo diz ao Nginx para ouvir porta 80 para IP4 e IP6.
listen [::]:80 default_server;
Você tem duas diretivas dizendo ao Nginx para escutar na porta 443, e é por isso que você está recebendo a mensagem de escuta duplicada. Basta remover a primeira linha abaixo e isso deve funcionar.
listen 443;
listen [::]:443;
Note que eu não sabia nada sobre o Nginx IP6 até passar 2 minutos no Google. Uma quantidade muito pequena de pesquisa descobriu essa solução.