Depois de algumas pesquisas, encontrei a raiz do problema
Dentro dos instantâneos que não podem ser apagados, havia um subvolume - aparentemente outro instantâneo. O sistema que cria instantâneos periódicos deve ser executado duas vezes para o mesmo caminho - criando, assim, o segundo instantâneo dentro do primeiro, em vez de usar esse nome.
Para o registro, estou usando btrfs-snapshot-rotation através do cron simples. Como eu tinha múltiplas frequências de instantâneos, duas devem ter sido executadas no mesmo segundo. Uma solução potencial é mudar para anacron
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