O formato é o mesmo, são os nomes dos arquivos que são diferentes.
É porque a maneira como o rsync funciona por padrão - primeiro cria arquivos temporários (como .index.php.3AYEV4 ) e quando eles terminam de sincronizar, somente então eles são renomeados para nomes de arquivos finais (como index.php ). Você pode modificar seu inotifywait para ter -e modify,move ou alterar o upsteam rsync para não usar arquivos temporários usando rsync --inplace flag (mas veja notas em --inplace )