A maneira mais comum é ~/.ssh/authorized_keys
, ele permite que os usuários gerenciem suas próprias chaves. A menos que você esteja planejando migrar para um sistema de autenticação diferente (por exemplo, LDAP) algum dia, essa deve ser a sua escolha.
Lembre-se de que cada pasta ~/.ssh/
precisa ser chmod'd para 700 e chown'd para o respectivo usuário.
A propósito, se você gerencia muitos usuários, dê uma olhada na documentação useradd
no diretório /etc/skel
. Você pode querer colocar um padrão .ssh/authorized_keys
lá.