apenas diga ao anaconda para ignorar pacotes ausentes
% packages --ignoremissing
você terá que consultar o arquivo ks anaconda para ver o que foi realmente instalado
mais uma opção pode ser adicionar um grupo de conflitos à exclusão
- @ Conflitos (Workstation)
para excluir pacotes que entram em conflito na instalação da estação de trabalho, por exemplo.
EDIT
Depois de reler sua pergunta, estou querendo saber se você está se referindo a pacotes de terceiros.
Em caso afirmativo, sugiro um curso diferente - use um script de pós-instalação, OU, se você pretende fazer disso a base de uma implantação em grande escala - reserve um tempo para instalar em um ambiente virtual (por exemplo, vbox) e instale todos Pacotes de terceiros com um único comando yum install. Você verá conflitos e problemas de versão / dependência do sistema operacional de forma interativa, o que é muito mais fácil depurar o IMO do que ler um log após o fato.