Eu tenho exatamente o mesmo comportamento com o Windows 7, VMware Player 5.0.1 e Ubuntu 12.10, enquanto o 11.10 funciona bem tanto no modo nativo quanto como VM (host é um laptop, híbrido Sony VPCZ138GW gráficos - Intel e Nvidia).
Clicando nas coordenadas de tela apropriadas pode-se lançar aplicativos, no entanto; por exemplo, clique no canto esquerdo permite digitar e executar um "terminal" perfeito, e o canto direito permite um desligamento adequado ...
PS: Desligar a VM, alternando o switch para a Nvidia (Windows faz isso) e iniciar a VM resolveu o problema, então se você não tiver um gráfico híbrido, o VMware Player 5.0.1 deve resolver o problema; se você tem um gráfico híbrido, pode experimentar esta receita ...