TLDR: svn co svn://svn.freebsd.org/ports/head /usr/ports
Suponho que você acabou de excluir o diretório real da árvore de portas. Nesse caso, você precisará usar o svn para recuperar a seção relevante da árvore de ports do repositório central do FreeBSD. Esta cartilha irá ajudá-lo a conseguir isso, o mais relevante para você é provavelmente as seções "Checkout Parcial". Se isso é muito demorado, basta verificar a árvore de ports inteira e pegar o que você precisa, e verifique se você tem espaço em disco suficiente para segurá-lo.