o problema é mod_fcgid
leia a sua página de manual:
link
impossível compartilhar o cache opcode, é por isso que você vê caches diferentes quando o apc é atualizado ... suPHP também é mau.
use o mod_fastcgi com o php-fpm
p.s. algumas configurações de apc necessárias para definir apc.enable_opcode_cache = 1