O certificado curinga emitido para *.domain.com não protege domain.com por padrão.
Execute openssl x509 -in certificate.crt -noout -text nos dois certificados para ver seu conteúdo legível. Procure o campo X509v3 Subject Alternative Name (SAN). Se estiver presente, ele especifica vários nomes DNS, que podem ser protegidos pelo certificado.
Suponho que seu *.domain.com cert o tenha, enquanto *.sub.domain.com não, nesse caso, peça um novo certificado SAN curinga.