Você deve verificar o SoundConverter. Ele pode codificar para quase todos os formatos, bem como converter vários arquivos de uma só vez de diferentes locais. É instalável a partir do Ubuntu Software Center ou executando este código no terminal:
Sudo apt-get install soundconverter
No entanto, você deve abrir o menu de preferências para alterar o formato de saída, bem como o local de saída e outras configurações diversas. Espero que ajude. E obrigado.