Suas suspeitas estão corretas, você não precisa fazer nada, basta atualizar o caminho normal.
Estou executando o Ubuntu 12.04 com backports para o TexLive.
O Ubuntu 12.10 deve conter a mesma versão do TexLive que o backport fornece atualmente para 12.04.
Eu, claro, quero mudar de backport para a versão normal do TexLive disponível nos repositórios do Ubuntu 12.10.
Como faço para lidar com a situação? Eu atualizo o modo normal e tudo será resolvido, ou seja, minha instalação do TexLive agora será de repositórios em vez de backports?
Suas suspeitas estão corretas, você não precisa fazer nada, basta atualizar o caminho normal.