Eu sei que estou um pouco atrasado para a festa aqui, mas recentemente eu me deparei com isso quando estava aprendendo a usar o Vagrant, e os documentos não deixam isso completamente óbvio. Eu estava desligando a VM com vagrant halt e, em seguida, usando vagrant up da próxima vez que eu liguei meu PC, e isso destruiria o estado da VM e faria você começar de novo.
Para manter a mesma VM ao redor e não perder seu estado, use os comandos vagrant suspend e vagrant resume . Isso fará com que sua VM sobreviva a uma reinicialização da máquina host com seu estado intacto.
Naturalmente, toda a ideia por trás do Vagrant é que o processo de provisionamento da VM deve trazê-la completamente para um estado utilizável sem necessidade de configuração extra. Você deve procurar integrar alguns livros de culinária Chef com sua VM, ou pelo menos escrever alguns scripts de shell para instalar e configurar sua pilha LAMP.