Eu tive o mesmo problema.
A solução para mim foi definir um comando sleep no script bash por 10 segundos para atrasar a iniciação.
#! /bin/sh
sleep 10
xgamma -rgamma x.xxx -ggamma x.xxx -bgamma x.xxx
Isto parece funcionar em 12.10 com gráficos HD 4000 (driver da mesa)
(Se você precisar criar um script, abra seu editor de texto, cole as linhas acima no arquivo de texto, chague x.xxx valores para o que você precisa e salve o arquivo com .sh nome ( é o seu nome de arquivo))
(Do que você deseja adicionar scripts para iniciar aplicativos, digite start up na barra de unidades e adicione o arquivo na nova janela)
Felicidades,