O instantâneo é feito com o arquivo de bloqueio. Normalmente, o MongoDB excluiria o arquivo de bloqueio no desligamento, mas como você o restaurou, o MongoDB acha que foi encerrado sujo (na verdade, não foi desligado naquele momento).
O guia que você forneceu afirma o seguinte para iniciar o servidor após uma recuperação :
backup shell> chown -R mongodb /var/lib/mongodb/toyko0
backup shell> rm /var/lib/mongodb/tokyo0/mongod.lock
backup shell> mongod --dbpath /var/lib/mongodb/tokyo0
Você tem que mudar os caminhos, claro, mas isso claramente diz que você apaga o arquivo de trava.