Eu fiz isso várias vezes em um servidor de teste sem problemas. Além disso, eu nunca li qualquer aviso ou algo assim para não fazer isso online. Então eu acho que isso deve ser seguro.
Como você não tem uma BBU, também precisa deste comando:
./MegaCli64 -LDSetProp CachedBadBBU -L0 -a0
Mude de volta com:
./MegaCli64 -LDSetProp NoCachedBadBBU -L0 -a0