Isso deve ser possível se você configurar seu servidor linux para a autenticação do usuário kerberos para autenticar clientes com a mesma infraestrutura de diretório ativo que os clientes windows.
Ainda não tentei, e nunca ouvi falar de alguém fazendo isso. Mas o git não impõe quaisquer restrições sobre como a conexão SSH deve funcionar, então, desde que o cliente SSH do Windows possa fornecer credenciais kerberos, e o servidor linux possa consumi-las, não há razão para que isso não funcione.