Isso é muito comum.
Em vez de usar o .htaccess como roteador, você deve usar o PHP.
Editar: você NÃO PODE usar o .htaccess para rotear páginas fora do docroot.
Mantenha a maioria dos seus arquivos fora do docroot, mas mantenha index.php que lida com o roteamento. O PHP é capaz de incluir / requer arquivos fora do docroot, e isso é usado extensivamente em alguns frameworks PHP.
- Site
- includes
- page.php
- pages
- example.php
- public
- .htaccess
- index.php ( <?php require_once('../includes/page.php'); ?>