Os filtros rsync funcionam na primeira correspondência encontrada - então, sim, suas exclusões de "d *" e "B *" estão excluindo seus subdiretórios "db" e "Backups" antes de suas correspondências de inclusão.
Seria melhor incluir apenas os caminhos específicos que você deseja incluir e excluir todo o restante, por exemplo:
+ /[E-H]* # include top-level dirs starting with E through to H
+ */db/ # include "db" subdirectories
+ */db/Backups/ # include "db/Backups" subdirectories
- */ # exclude all other directories