Olhando para as regras do IPtables, você precisa permitir o tráfego para a porta 88.
iptables -A INPUT-p tcp --dport 88 -j ACCEPT
Isso deve abrir a porta 88 para que você possa se conectar ao programa em execução.
Você pode querer dar uma olhada em Phusion Passenger no seu servidor Apache, isso permitirá que você rode seu PHP e Rails na mesma porta e é muito fácil instalar