Can I have Mountain Lion server with all its benefits of AFP and Time Machine for multiple machines without it messing with my Apache configs?
Claro. Você tem que instalar seu próprio Apache, PHP, Passenger, etc. para fazer isso.
A Apple "possui" o Apache fornecido com o OS X. Eles podem (e farão) o que quiserem com ele, e isso pode (e provavelmente irá) quebrar sua configuração de tempos em tempos.
Se você quiser se proteger, precisará instalar suas próprias cópias dos componentes necessários, em um local que não esteja em conflito com as versões da Apple.
Você também precisa criar seus próprios scripts de inicialização launchd
(ou iniciar manualmente seus serviços na reinicialização) e certificar-se de que as versões desses programas da Apple não estejam em execução para evitar a criação de conflitos.
Can anyone help me get it back to how it was before without uninstalling Server, as I'm using it for VPN, File Sharing, Time Machine, etc.?
Você tem backups?
Se sim, restaure deles. Se não, você está praticamente sem sorte - a reconstrução de sua configuração será mais rápida / fácil do que tentar descobrir como desanuviar tudo o que acontecia quando você instalava o OS X Server.