Eu diria que você está fazendo errado.
Veja o que eu faria:
Debian / Ubuntu
No servidor antigo
sudo dpkg --get-selections > package-selections
scp package-selections new-server:~/package-selections
No novo servidor
sudo dpkg --set-selections < package-selections
sudo apt-get update && sudo apt-get -u dselect-upgrade
RedHat / Centos / ScientificLinux / etc .:
rpm -qa > package-selections
e para restaurar
yum -y install $(cat package-selections)
Isso instalará os pacotes que estavam no servidor antigo, no novo servidor.
Em seguida, o restante é usar o rsync para copiar o conteúdo de / home e / var / www por cima
Eu também copiava uma cópia do / etc /, mas não a colocava no lugar automaticamente. Em vez disso, rsync-lo para / home / yourname / etc e cereja pegar coisas fora dele.
Como alternativa, use o boneco .