O NFS é muito eficiente em redes fechadas e é mais simples que o SMB para configurar, o compartilhamento SMB tem mais configurações sobre acesso e permissões e pode ser acessado pelo sistema operacional Windows.
Se você precisar de um compartilhamento simples que possa ser acessado apenas por máquinas conhecidas, eu recomendaria que o NFS, especialmente na rede LAN, tenha um desempenho muito bom. O SMB é mais seguro, mas precisa de mais configuração (nada impossível) e pode ser acessado por quase todos os sistemas operacionais, é necessário se você precisar acessá-lo através da rede WAN.
No seu caso, sugiro o NFS, mas se você tiver em mente expandir sua funcionalidade no futuro, vá para o SMB.