Resposta curta - Não - O S3 não é um dispositivo de armazenamento de nível de bloco, portanto você não pode usá-lo como raiz do apache. Você precisa usar o EBS para isso.
Mas - você pode hospedar seu site no S3 se houver apenas conteúdo estático (ou seja, sem PHP / ruby / etc - o JavaScript está ok porque é executado no navegador e não no servidor) em Nesse caso, você nem precisa do servidor Apache.