Isso deve funcionar.
for i in <space-delimited server name list>;
do
sed '/^$/d' /home/nextag/instance.properties | grep -vc '^\s*#';
echo $i;
done
Abaixo da linha é usado para remover todas as linhas vazias.
'/^$/d'
grep -vc '^\s*#'
irá ignorar as linhas que começam com # e fornece a contagem de outras linhas.
Espero que isso ajude.