Cliff,
Sim, eu sei o que você quer dizer, esteve lá e fez aquilo. A coisa mais segura que você pode fazer é o que você já fez, adicionando um registro www.
Você realmente não pode adicionar um registro curinga porque qualquer solicitação para o Domain.net será redirecionada externamente. Isso é especialmente verdadeiro se você confiar no DNS para todas as pesquisas baseadas em nomes de computadores e tiver desativado o NetBIOS na rede.
A curto prazo, o que você fez parece certo. A longo prazo, você pode querer investigar a mudança de seu nome de domínio, não tenho certeza de quantos clientes você tem internamente, mas isso às vezes não é tarefa fácil, mas no longo prazo você economizará muito tempo e esforço.
Acho que o MDMarra postou antes que ele não se importa em usar os registros DNS públicos para o seu domínio interno, mas em vez de uma extensão de domínio local (ou seja, Domain.local) ele usa um subdomínio (corp.domain.net) ou algo assim Curtiu isso. Apenas não use a raiz, como você descobriu.