Seria melhor perguntar isso em um fórum de servidores do que em um fórum de programação?
Eu acho que você pode excluir os arquivos ibdata1 com segurança e eles são reconstruídos, mas para ter certeza renomeie o (s) arquivo (s) ibdata1 e reinicie o MySQL. Se isso falhar, renomeie-o de volta e vá para o lugar certo;)
Se funcionar, execute mysqlcheck ( link ) e / ou possivelmente exportar todos os dados como SQL (mysqldump), limpam o banco de dados inteiro e reimportam do arquivo de despejo.