Sem raiz, ou acesso a ferramentas de diagnóstico, você estaria batendo a cabeça contra a parede. Você pode pesquisar arquivos procurando .ru
para ver se é algo que está sob seu controle.
Existem ferramentas que você poderia tirar uma foto no escuro e tentar: inotify, lsof (não provável) -
ou simplesmente chowning o arquivo .htaccess
para não ser gravável pelo Apache (se possível). Se for a cada duas horas, veja também crontab
.
No final, algo ainda está arruinado e você provavelmente deve se referir a isso: Como faço para lidar com um servidor comprometido?