Eu não entendo o que você quer dizer com "Eu gostaria de fazer é ter um arquivo de texto ... que tem o caminho do arquivo ... e as credenciais do AD das pessoas que devem ser capazes de usar isto". Parece que você está apenas perguntando se você pode colocar um URL, nome de usuário e senha em um arquivo (o que você certamente pode), mas eu realmente acho que não é isso que você está perguntando.
Acho que você está realmente perguntando se pode tornar o arquivo PDF acessível apenas a determinados usuários do AD.
Parece que você não está muito familiarizado com a administração do sistema Windows. Dar-lhe um conjunto de instruções clique-por-clique não é algo que você vai encontrar no Server Fault, então esteja preparado para fazer um pouco de exploração.
O IIS faz isso com base nas permissões NTFS no arquivo e na identidade do usuário autenticado. Parte do trabalho será feito com a guia "Segurança" do Windows Explorer da folha de propriedades para um arquivo ou pasta, e parte do trabalho será feito no snap-in gráfico do console de gerenciamento do IIS (localizado em "Ferramentas Administrativas"). "Grupo de programas do menu Iniciar por padrão).
Para um diretório hipotético em seu "Site padrão" em um servidor IIS do Windows Server 2003 você faria:
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Crie o diretório "C: \ inetpub \ wwwroot \ protected-docs"
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Modifique as permissões NTFS nesse diretório para permitir somente membros do grupo AD autorizado (ou contas de usuário individuais do AD - mas, na verdade, você deve usar grupos) "Acesso de leitura". Recomendo fazer isso bloqueando a herança da ACL e copiando a ACL, removendo todas as entradas de ACL relacionadas a "Usuários" ou "Anônimos" e adicionando o grupo / usuários apropriado com direitos "Ler"
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Modifique os métodos de autenticação na guia "Segurança de diretório" da folha de propriedades do subdiretório "protected-docs" do "Site padrão" usando o console de gerenciamento do IIS. Remova "Permitir acesso anônimo" e marque as caixas "Autenticação do Windows" ou "Autenticação básica" (tendo em mente que a Autenticação básica envia credenciais em texto não criptografado e não é realmente uma boa opção para sites que não usam HTTPS para criptografar o tráfego enquanto no fio)
Esse é o show básico para fazer o que eu suspeito que você está procurando.