Não pode referir-se às permissões do sistema de arquivos. Em geral, os produtos VMware (como o Workstation) não permitem alterar as configurações de alocação de memória, a menos que você esteja executando como root.
A conta do sistema que você usa pode ser importante, dependendo do seu esquema de autorização. Tente fazer login na interface da web como root e altere a configuração.
De acordo com o comentário da Zoredache, você definitivamente precisa converter essas VMs e migrar para uma plataforma de virtualização mais apropriada (e suportada). Foi surpreendentemente indolor passar do Servidor 2 no Ubuntu 8.04 para o ESXi 4.1 U1.