Eu tive o mesmo problema (embora não com a Amazon) e achei que concordaria com nossa solução.
Na verdade, instalamos o FMS 3.5 no CentOS 6. Isso é apenas 32 bits, então nossos problemas foram ainda mais profundos. Tivemos que instalar as bibliotecas iniciais e diagnosticar executando o fmsmaster manualmente para ver quais bibliotecas estavam causando conflitos. Nós então copiamos bibliotecas de 32 bits do nosso sistema anterior do CentOS 5.x / 32bit para resolver o problema.
O maior problema era que os logs estavam vazios e somente a execução manual mostrava problemas. Aqui estavam nossos passos (tenho certeza que o FMS 4.x será um pouco diferente):
1. yum install libstdc++.so.5
2. yum install seamonkey
3. yum install libstdc++-4.4.7-4.el6.i686
4. ./installFMS -platformWarnOnly
5. Discover missing dependencies: ldd ./fmsmaster
6. Locate missing libs: e.g. yum whatprovides libstdc++.so.6
7. Copy 32bit libplc4.so, libcap.so.1, libnspr4.so, libplds4.so
Embora essa discussão tenha dois anos, à medida que mais pessoas instalam o RHEL / CentOS 6 64 bits, mais administradores encontrarão mais desses problemas e essa discussão (como eu).