ALTER TABLE table_name ENGINE = InnoDB; pode ser usado em tabelas InnoDB para reconstruir a tabela, limpar seus índices e, no caso de usar innodb_file_per_table = 1, redimensionar o arquivo da tabela.
Além disso, o innodb cuida de si mesmo e qualquer lentidão que você possa sofrer depois de executar este comando é porque você reconstruiu a tabela indexada na chave primária e se as chaves secundárias são usadas com mais frequência nas pesquisas do banco de dados, você ve fragmentou-os em vez disso.
O InnoDB tende a entender o armazenamento esparso de dados e provavelmente precisa ser "consertado" com muito menos frequência do que algumas pessoas fazem.