Eu pessoalmente uso o EJBCA . Funciona muito bem, você pode delegar privilégios a outras pessoas (definir que tipo de certificados eles podem criar), pode publicar certificados no LDAP, funciona como servidor OCSP.
A única queixa é que é bastante pesado, um 1GB de RAM é um mínimo razoável, com 768MB o sistema está trocando.