Could it be the magic packet remains floating around ?
Você pode descobrir executando tcpdump
na interface. Normalmente, não haveria nada "flutuando" a menos que você tenha um loop de rede - que, por sua vez, teria outros sintomas desagradáveis.
Não faço ideia do motivo pelo qual o GRUB está se comportando de maneira diferente quando acordado da LAN. Mas eu vi algumas implementações de BIOS onde qualquer tráfego de rede acionaria uma energia - não apenas o pacote mágico de WoL. Verifique se você pode alterar suas configurações de energia para serem "controladas por ACPI" na configuração do BIOS.