Uma atualização in-loco interromperá os serviços do SQL Server para que haja interrupção dos serviços. Eu pessoalmente prefiro fazer uma instalação limpa como você diz que normalmente faz. O tempo de inatividade é minimizado se você criar seu novo servidor, desanexar os bancos de dados do antigo, colocar o novo servidor em funcionamento e, em seguida, reconectar os bancos de dados no novo servidor. Tenha certeza que você está trazendo tudo (logins, jobs, etc) antes de fazer essa troca.