O HT em uma CPU multicore não é tão bom quanto era em uma CPU de um único núcleo. Mas o multicore (sem HT) é melhor que o HT. E um dual core não é tão bom quanto dois núcleos únicos.
Portanto, tudo depende - depende principalmente de o núcleo do aplicativo se encaixar no cache da CPU para que o HT possa alternar com rapidez suficiente para fazer sentido.
Certamente existem alguns pontos de referência para isso.
Meu sentimento é, portanto, que HT em vários núcleos faz sentido em aplicativos que precisam de muitos núcleos para o mesmo propósito. E meu sentimento é que o HT não tornará as coisas mais lentas (seu efeito pode ser zero no pior caso, mas não abaixo de zero - isto é, desacelerar os processos).