É por design. Os nomes de arquivos e pastas fazem distinção entre maiúsculas e minúsculas nos sistemas * nix.
A renomeação pode ser automatizada de várias maneiras. Os utilitários de renomeação em massa estão disponíveis, pyrenamer , nautilus-renamer , renomear , mmv , para citar alguns .
Para completar a resposta, aqui está um script que faz a renomeação para você.
rename 'y/A-Z/a-z/' *
Isso deve renomear todos os arquivos / pastas para minúsculas.