A execução de um rastreamento em um SQL Server afetará o SQL Server. A regra básica é que qualquer coisa que você faz no servidor leva recursos. Você pode causar problemas de desempenho executando um rastreamento ou o SQL Profiler no SQL Server? Sim, com certeza você pode se você não tiver nenhuma filtragem no lugar.
Se você estiver com problemas de deadlocking, ative as Sinalizadores de Rastreio 1204 e 1222 que exibirão a saída informações sobre o deadlock para o log de erros. Não deixe isso o tempo todo, pois eles afetarão o desempenho. As informações que são enviadas para o log de erros informam sobre as instruções que fazem parte do deadlock.