Tente cd
ing para a pasta usando o usuário do Apache,
O mais provável é que o seu diretório home tenha permissões ou permissões em algum lugar no nível superior
su apache
cd home
cd user
cd www
cd site.test.co.uk
Se falhar, você precisará adicionar apache
ao grupo de user
e garantir que o diretório tenha permissão de leitura e gravação em grupo drwxr-x---
ou 750
chmod -R 750 /home/user