Você provavelmente terá que armazenar a senha em um arquivo que só pode ser lido pelo root. As tarefas do crontab são executadas como root para que tenham acesso, mas outros usuários do sistema não terão acesso.
Se for aceitável exigir que o usuário faça logon primeiro, você pode fazer o usuário executar um programa para transferir a senha do gnome-keyring (cavalo-marinho) para um arquivo de propriedade do usuário em um sistema de arquivos tmpfs. Dessa forma, nunca é armazenado sem criptografia em armazenamento não volátil.