Muitas coisas podem ser o problema. Se você estiver trocando, seu sistema não terá memória suficiente e você precisará atualizar ou reduzir o número e / ou o tamanho dos processos em execução.
Um processo de trabalho do Apache com 4+ horas de tempo de CPU (ou que foi iniciado há mais de quatro horas) não é um problema; é o que é suposto fazer - ficar por aqui e consumir CPU enquanto atende a solicitações. Trabalhadores do Apache poderiam ser a causa do problema, mas a partir das informações fornecidas é impossível dizer.
Eu poderia continuar e continuar, mas eu já tenho, em um artigo que escrevi sobre buscando problemas de desempenho em Sistemas Linux . Eu recomendo que você leia, siga as recomendações e volte com novas perguntas contendo dados de análise específicos, caso precise de ajuda para interpretar algo.