A execução de bancos de dados em uma unidade de rede é uma ideia realmente idiota. Surpreende-me que parecesse funcionar de forma tolerável na arquitetura antiga (embora, de sua descrição, você tenha citado apenas a diferença de tempo gasto em uma operação - há uma grande diferença entre uma operação de 1 segundo levando mais de 1 hora + 1 seg, e entre uma operação que leva 24 e 25 horas).
Pare de tentar corrigir o problema errado.